En la fase aguda tratamiento simultaneo con Heparina o HBPM a dosis terapéuticas y Anticoagulantes orales . Suspender heparina a los 5-6 días siempre que el INR se mantenga en rango terapéutico al menos 2 días seguidos. Nivel terapéutico: INR entre 2-3 Duración del tratamiento:

• De 6 a 12 semanas en la trombosis aislada sintomática de la pantorrilla.
• Al menos 3 meses en los casos de primer episodio de trombosis venosa proximal, de causa conocida y tratable, y sin trombofilia asociada.
• Al menos 6 meses en aquellos casos de pacientes con trombosis venosa proximal idiopática, o en pacientes con trombosis venosa recurrente sin riesgos asociados (causa conocida y tratable o trombofilia asociada)
• Tratamiento indefinido debe ser considerado en los siguientes casos:
  • Más de un episodio de trombosis venosa proximal idiopática.
  • Episodio de trombosis venosa profunda como complicación de neoplasia maligna
  • Episodio de trombosis venosa profunda idiopática y presencia factor V de Leyden homocigótico.
  • Síndrome antifosfolipídico y episodio de trombosis venosa profunda
  • Episodio de trombosis venosa profunda y déficit de antitrombina III, proteína C, o proteína S.

[Fuente]

Pacientes con TVP o embolia pulmonar que no tengan factores de riesgo persistente, un tto por 3 meses es tan efectivo como uno por 6 meses además que está asociado con un menor riesgo de hemorragia.
Si la causa de la trombosis es transitoria basta un tratamiento por 4 a 6 semanas, caso contrario el tto debe ser por 3 meses o más. [Fuente[